Le Fonds CAFI a plusieurs modalité de mise en oeuvre : par le biais d'organismes des Nations Unies, la Banque mondiale, les Agences de coopération bilatérales ou les organisations non-gouvernementales internationales.

Les organisations de mise en œuvre qui ont jusqu'à présent signé un accord avec le CAFI - c'est-à-dire celles que les pays partenaires du CAFI peuvent sélectionner pour soutenir le développement ou la mise en œuvre de leurs cadres d'investissement nationaux - sont actuellement les suivantes :

Chaque organisme de mise en oeuvre mène les activités financées par CAFI conformément à ses règlements, règles, directives et procédures, en utilisant ses propres modalités d'exécution. Pour ce faire, chaque organisme de mise en oeuvre doit démontrer une cohérence avec les sauvegardes (Annexe 4 des Termes de références du Fonds CAFI). 

Tout en respectant leurs règles et règlements, les organismes de mise en oeuvre doivent également faire montre d’un haut niveau de sensibilisation aux risques de fraude et de corruption, ainsi qu’à tous les autres risques contextuels et programmatiques identifiés par le Conseil d'administration. Les organismes de mise en oeuvre doivent communiquer de manière proactive ces risques au Conseil d'administration de CAFI.